Ngày 11 tháng 7 năm 1996, UBND tỉnh Quảng Bình đã ban hành Quyết định số 710/QĐ-UB về việc thành lập trường PTTH Năng khiếu Quảng Bình (sau đó ngày 28/12/2001 là trường THPT chuyên Quảng Bình và nay là trường THPT chuyên Võ Nguyên Giáp).

Với nhiệm vụ phát hiện và bồi dưỡng những học sinh có năng khiếu các bộ môn văn hóa ở cấp THPT trên địa bàn tỉnh Quảng Bình góp phần đào tạo nhân tài cho quê hương, đất nước.

Ngày 5/9/1996, hòa với không khí của cả nước, cả tỉnh, tiếng trống khai trường của trường PTTH Năng khiếu Quảng Bình đã giòn giã vang lên tại trụ sở củ của Tỉnh ủy (sau này là Thư viện tỉnh Quảng Bình) báo hiệu sự ra đời của một ngôi trường mới, một trung tâm “ươm mầm tài năng” cho quê hương Quảng Bình yêu dấu.

Năm học đầu tiên (1996 - 1997) trường mới chỉ có 32 cán bộ, giáo viên, nhân viên. Những bậc “khai sơn phá thạch” ở khắp mọi miền của tỉnh được huy động về đây với những điều kiện, hoàn cảnh khác nhau nhưng có một điểm chung là ai cũng quyết tâm chung sức, đồng lòng vì mục tiêu xây dựng và phát triển nhà trường. Trong các thế hệ đầu tiên ấy trước hết phải kể đến Nhà giáo Ưu tú Nguyễn Hồng Lâm, người Hiệu trưởng đầu tiên, người có công trong những ngày đầu xây dựng và phát triển nhà trường. Thầy giáo Trần Xuân Bang là Phó hiệu trưởng đầu tiên của trường. Nhà giáo Ưu tú Trần Thị Minh Hòa, người mà sau đó năm 2004 trở thành Hiệu trưởng thứ 2 của trường, là Đại biểu Quốc hội khóa XI. Các thầy giáo Mai Sơn Hà, Nguyễn Quang Hòe, Nhà giáo Ưu tú Hoàng Minh Tuy, cô giáo Đinh Thị Lưu sau này là Phó Hiệu trưởng, cô giáo Nguyễn Thị Thúy Hồng nay đang là Phó Hiệu trưởng nhà trường; đến các thầy Phan Đình Ninh, Hoàng Tấn Quả, Đặng Văn Khanh, Dương Cao Danh, Trần Minh Châu, Nguyễn Mậu Hành, Nguyễn Văn Duẩn, Tưởng Minh Tân, Lê Thanh Bình, Bùi Khắc Sơn, Nguyễn Văn Hùng, Nguyễn Đình Hùng; các cô giáo Trần Thị Hằng, Mai Thị Tâm, Trần Thị Hằng Hải, Nguyễn Thị Thanh Bình, Đinh Thị Lan, Nguyễn Thị Mai Hoa, Nguyễn Thị Minh Tâm, Trần Thị Kim Tiến, Nguyễn Lan Anh, Nguyễn Thị Cúc, Lê Thị Thanh, Nguyễn Thị Thanh Hương. Thế hệ các thầy cô tiền bối của trường nay hầu hết đã nghỉ hưu, số còn lại tuổi đã cao nhưng vẫn đầy nhiệt huyết và một lòng gắn bó với trường, với nghề dạy học.

Về quy mô đào tạo, năm học đầu tiên trường có 14 lớp với 465 học sinh, trong đó có 04 lớp 11 và 04 lớp 12 từ các khối chuyên trường Đào Duy Từ chuyển sang với 289 học sinh, tuyển mới 06 lớp với 176 học sinh. Mặc dù thầy chưa đủ, trò chưa nhiều (chủ yếu là các lớp chuyên Toán, Văn, Lý và tiếng Anh) nhưng ngay năm học đầu tiên trường đã ghi tên mình vào bảng vàng của ngành Giáo dục Quảng Bình với 20 giải học sinh giỏi Quốc gia, trong đó có 01 giải Nhất, 11 giải Nhì, 05 giải Ba và 03 giải Khuyến khích.

Đến năm học 2006 - 2007, sau 10 năm trường đã có 25 lớp với 787 học sinh, về cơ bản đã có đủ các khối chuyên. Cũng trong năm học này đã có 22 giải học sinh giỏi Quốc gia, trong đó 01 giải Nhất, 02 giải Nhì, 08 giải Ba và 11 giải Khuyến khích.

Năm học 2015 - 2016, năm học thứ 20 này trường đã có 30 lớp với 990 học sinh, có đầy đủ mỗi khối 09 lớp chuyên và 01 lớp không chuyên; có 09 đội tuyển tham gia thi chọn HSG lớp 12 THPT cấp Quốc gia với một kết quả rất đáng tự hào: đạt 35 giải, trong đó có 01 giải Nhất, 06 giải Nhì, 15 giải Ba và 13 giải Khuyến khích. Đặc biệt có 02 học sinh được chọn vào đội dự tuyển Olympic Toán và Vật lý Khu vực và Quốc tế. Trong đó, em Nguyễn Thế Quỳnh - học sinh lớp 11 chuyên Lý đã mang về cho nhà trường và tỉnh nhà 2 HCB Châu Á và 2 HCV Thế giới Olympic Vật lý vào các năm 2016, 2017.

Về cơ sở vật chất phục vụ dạy học, từ chỗ phải mượn trụ sở củ của Tỉnh ủy để làm việc, giảng dạy, học tập; trang thiết bị dạy học thiếu thốn, lạc hậu, đến nay cùng với sự quan tâm của tỉnh, của ngành và công sức lao động miệt mài của các thế hệ thầy cô, học sinh nhất là thế hệ đầu tiên san nền, đổ đất, đắp đường biến vùng đồng ruộng sình lầy nơi đây thành một ngôi trường khang trang sạch đẹp với một khuôn viên rộng rãi 24.000 m², có đầy đủ hệ thống phòng học cho toàn trường học một ca, có nhà thư viện, phòng thực hành bộ môn, nhà thi đấu, nhà nội trú cho học sinh ở xa, hệ thống phòng làm việc, phòng sinh hoạt các tổ chuyên môn, sân chơi, bãi tập...trang thiết bị dạy học hiện đại, đầy đủ, đáp ứng yêu cầu dạy học và bồi dưỡng học sinh giỏi Quốc gia, Quốc tế.

Đội ngũ cán bộ, giáo viên, nhân viên không ngừng được tăng cường về số lượng, từng bước nâng cao về chất lượng, phục vụ cho nhiệm vụ đặc thù của một trường chuyên. Từ 32 cán bộ, giáo viên, nhân viên trong năm học đầu tiên, đến nay trường đã có 102 cán bộ, giáo viên, nhân viên trong biên chế. Trong đó có 1 tiến sỹ (1%), 59 thạc sỹ (59%), 09 đồng chí đang theo học thạc sỹ trong và ngoài nước, có 03 nhà giáo được nhà nước phong tặng danh hiệu Nhà giáo ưu tú, 03 cá nhân được tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Ba, 04 nhà giáo được Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen, 24 nhà giáo được Bộ Giáo dục và Đào tạo tặng Bằng khen, 286 lượt nhà giáo, cán bộ quản lý được UBND tỉnh tặng Bằng khen, 64 giáo viên được công nhận Giáo viên dạy giỏi cấp tỉnh, 22 nhà giáo được tặng kỷ niệm chương “Vì sự nghiệp Giáo dục”, 128 lượt nhà giáo được công nhận Chiến sỹ thi đua cấp tỉnh, 346 lượt nhà giáo là Chiến sỹ thi đua cấp cơ sở. Cán bộ giáo viên của trường ngoài việc đảm nhiệm công tác chuyên môn, nhiều đồng chí tham gia Hội đồng cốt cán bộ môn của ngành, đi đầu trong nghiên cứu khoa học, sáng kiến kinh nghiệm, các cuộc thi do Bộ và Sở tổ chức. Từ ngôi trường này nhiều cán bộ đã trưởng thành đang đảm nhiệm nhiều chức vụ quan trọng ở Sở Giáo dục và Đào tạo, các cơ quan đơn vị khác.

Đảng bộ nhà trường có 76 Đảng viên (76%) là lực lượng nòng cốt, gương mẫu, đi đầu trong mọi hoạt động. Các tổ chức Công đoàn, Đoàn thanh niên, Hội chữ thập đỏ, Chi hội Khuyến học - Khuyến tài hoạt động tích cực, đạt nhiều thành tích, góp phần quan trọng cùng với nhà trường hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ qua các năm học.

Hai mươi năm trong lịch sử của một nhà trường chưa phải là dài nhưng những thành tích mà thầy và trò trường THPT chuyên Võ Nguyên Giáp gặt hái được là rất đáng trân trọng và tự hào. Phương châm: coi trọng giáo dục toàn diện, quan tâm giáo dục đạo đức, lối sống cho học sinh, xây dựng môi trường giáo dục lành mạnh, an toàn, thân thiện, chú trọng phát hiện và bồi dưỡng học sinh giỏi là những nhiệm vụ trọng tâm xuyên suốt 20 năm qua. Mỗi năm khi chuẩn bị đón xuân về, cả trường nóng lòng chờ đón rồi lại vỡ òa trong niềm vui chiến thắng của các kỳ thi chọn HSG Quốc gia. Tính đến thời điểm này trường đã có 564 học sinh đạt danh hiệu HSG Quốc gia. Trong đó có 8 giải Nhất, 75 giải Nhì, 246 giải Ba và 235 giải Khuyến khích. Đứng đầu trong bảng vàng thành tích của học sinh là em Đặng Ngọc Thanh - Huy chương Bạc Olympic Toán Quốc tế năm 2007, các em Hoàng Minh Anh, Nguyễn Huy Bình giải Khuyến khích Olympic Vật lý Châu Á - Thái Bình Dương, nhiều học sinh tham gia các đội dự tuyển Olympic Quốc tế. Nhiều học sinh được tham gia các đội dự tuyển Olympic Khu vực, quốc tế. Hàng năm, 100% học sinh đỗ tốt nghiệp, trên 95% học sinh vào các trường Đại học, nhà trường trở thành địa chỉ đáng tin cậy của các bậc cha mẹ và học sinh trong toàn tỉnh.

Ngoài thành tích học tập, học sinh của trường luôn hăng hái đi đầu trong các hoạt động xã hội, phong trào thanh niên tình nguyện, đền ơn đáp nghĩa, các hội thi văn nghệ, thể dục thể thao, đỡ đầu và chăm sóc các em làng trẻ SOS Đồng Hới...Với những thành tích chung đó, đến nay đã có 36 học sinh được đứng vào hàng ngũ Đảng viên Đảng CSVN ngay trong những năm tháng học tập tại trường, hơn 200 lượt Đoàn viên thanh niên, học sinh ưu tú được tham gia các lớp bồi dưỡng nhận thức về Đảng.

Hai mươi năm qua, trường đã đào tạo 19 khóa học sinh ra trường, với 146 lớp, 4.569 học sinh. Đa số học sinh của trường đã phát huy tốt tố chất của học sinh Chuyên ở các trường Đại học, nhiều em được đào tạo ở các lớp chất lượng cao, đào tạo ở nước ngoài theo chỉ tiêu học bổng của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Hầu hết học sinh hiện đang theo học tại các trường Đại học, nghiên cứu sinh trong và ngoài nước, số đã ra trường cơ bản có công ăn việc làm ổn định, nhiều em thành đạt, một số em đang đảm nhiệm các chức vụ quan trọng trong bộ máy lãnh đạo Đảng, chính quyền các cấp, là các doanh nhân, nhà doanh nghiệp, nhà khoa học, kỹ sư, bác sỹ, nhà giáo, cán bộ quản lý giáo dục... Tiêu biểu là các em Võ Đình Hiếu - học sinh chuyên Lý khóa 1994 - 1997 nay là Tiến sỹ - Giảng viên trường Đại học Công nghệ - Đại học Quốc gia Hà Nội, em Nguyễn Thành Chung - học sinh chuyên Toán khóa 1997 - 2000 nay là Tiến sỹ - Phó trưởng khoa Tự nhiên trường Đại học Quảng Bình, em Phan Thanh Hải – học sinh khóa 1996 -1999 nay là Tiến sỹ - trưởng khoa Kế toán - Kiểm toán Đại học Duy Tân, em Trương Tùng Giang - học sinh chuyên Toán khóa 1994 - 1997 nay là Thạc sỹ - Phó Giám đốc sở Tài chính Quảng Bình, em Nguyễn Thanh Xuân - học sinh chuyên Toán khóa 1998 - 2001 nay là Tiến sỹ - Phó Trưởng phòng Xây dựng cơ bản và Tài nguyên môi trường thuộc Văn phòng UBND tỉnh, em Nguyễn Ngọc Tuấn - học sinh khóa 1994 -1997 nay là Thạc sỹ - Uỷ viên Ban thường vụ - Phó Chủ tịch thường trực UBND huyện Bố Trạch, em Phạm Thành Trung - học sinh chuyên Lý khóa 2001-2004 nay là Thạc sỹ kinh tế - Giám đốc Công ty TNHH Tư vấn và Xây dựng Vĩnh Hưng, em Phạm Hồng Việt - học sinh khóa 1994 -1997 nay là Thạc sỹ - Bí thư Đảng ủy - Hiệu trưởng trường THPT Lê Quý Đôn - Bố Trạch, em Nguyễn Minh Tuấn - học sinh khóa 1994 - 1997 nay là Thạc sỹ - Đảng ủy viên - Phó Hiệu trưởng trường THPT chuyên Võ Nguyên Giáp của chúng ta và rất nhiều học sinh thành đạt khác.

Sự nỗ lực phấn đấu và những kết quả đạt được của nhà trường đã được Đảng, Nhà nước, Chính phủ, ngành Giáo dục và toàn thể nhân dân tỉnh nhà ghi nhận. Nhiều năm liên tục Đảng bộ nhà trường được công nhận “Đơn vị trong sạch vững mạnh” tiêu biểu. Từ năm học 1996 - 1997 đến nay trường luôn đạt danh hiệu Tập thể Lao động xuất sắc cấp tỉnh, nhiều năm liên tục được UBND tỉnh tặng cờ “Đơn vị thi đua xuất sắc” dẫn đầu khối THPT toàn tỉnh, năm 2005 trường được Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen, tháng 9/2008 được công nhận “ Trường chuẩn Quốc gia” lần thứ nhất, tháng 2 năm 2009 được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Ba. Nhưng có lẽ niềm vui mừng, tự hào lớn lao nhất là vào ngày 7 tháng 8 năm 2014 UBND tỉnh Quảng Bình đã ban hành Quyết định số 2133/QĐ-UB về việc đổi tên trường THPT chuyên Quảng Bình thành trường THPT chuyên Võ Nguyên Giáp. Từ đây trường được mang tên một vị tướng lừng danh, huyền thoại, vị tướng của nhân dân, một nhà giáo mẫu mực, một con người ưu tú của quê hương Quảng Bình. Trang sử truyền thống của nhà trường được dày thêm, rạng rỡ thêm kể từ ngày đó: Tháng 11 năm 2014 trường được tặng thưởng Huân chương Lao động hạng Nhì, tháng 9 năm 2015 được công nhận “Trường đạt chuẩn Quốc gia lần thứ 2”, tháng 11 năm 2015 được Thủ tướng Chính phủ tặng cờ “Đơn vị thi đua xuất sắc”.